在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
千年前，神将飞蓬与魔尊重楼于新仙界中大战，神剑“照胆”跌落人间，飞蓬被贬下凡。千年后，蜀山锁妖塔震荡，获得魔剑的飞蓬转世——景天，与唐雪见、徐长卿及紫萱几人开始了一场为收集五灵珠封印锁妖塔的冒险。
景云霄本是龙域大陆至高无上的轮回大帝，遭受他人暗算时，施展五转轮回决重生成为红叶镇景家的一名少年。利用前世记忆，景云霄帮助景家解决了黑龙寨之危，但爷爷景御风也因此伤重。无奈之下，景云霄只能肩负起拯救家人的重任，只身来到荒石城寻药。
