为复活爱宠菜包，猪猪侠在天才博士的协助下，研发出可承载宠物意识的仿生机器人，并将这项陪伴技术推向全社会。此举遭到超人强、菲菲、波比和小呆呆的集体反对，但猪猪侠依旧执意行动，更试图回到过去升级初代机器人、弥补技术缺陷。不料时空传送失控，他意外坠入未来，亲眼见证世界被失控的机器宠物统治。这些黑化的机械生命体，皆是曾经被人类虐待、遗弃的陪伴机器人。在未来菜包机器人与伙伴们的牺牲守护下，猪猪侠逃回现在欲阻止一切，却发现大BOSS原型机已失踪。未来的阴影，已潜伏当下。
过着极其平凡日子的女高中生·立木典子，某天早晨仿佛被不可思议的梦境引导一般，迷失到了一个陌生的异世界。 在这个语言不通、常识也不管用的世界里，救下无处可去、只能四处彷徨的典子的，是独自一人旅行的流浪战士·伊札克。 与此同时，世界各地都在流传着“能够唤醒带来毁灭的‘天上鬼’的人出现了”、“必须比任何国家都先得到手”的传言。 所谓的觉醒，以及天上鬼到底是什么—— 仿佛知晓答案一般，伊札克看着典子喃喃自语道。 “我必须杀了这个女孩。” 尽管语言和文化都存在隔阂，两人之间依然一点点萌生了细微的羁绊。 这样的两人，最终将被卷入宏大的命运旋涡之中——。
斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
