随着武魂融合技的锋芒消散，切磋赛最终以唐舞麟所带领的一年级组获胜而告一段落。片刻宁静后，一年级生们的期末考试也如期而至。学院提出的种种难题令众人捉襟见肘，唐舞麟等人也不例外。他们使出了各自的看家本领，为通过考试，跌跌撞撞的踏上了明都之行……
在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
身为前社畜的有人转生后担任起来路不明的职业『后卫』，但这原来是个能支援攻击与防御，还能补血的万能职业！在有人的身边也陆续聚集了转生前的美女上司（比他年纪还小）、充满谜团的亚人佣兵少女、身怀隐情的高等美。
该作品讲述主角饭岛律是妖怪小说家饭岛蜗牛（本名饭岛伶）的孙子，自幼具有通灵体质，能够与妖怪鬼魂见面交谈，甚至驱除恶灵。饭岛蜗牛死前命令最强的式神龙妖青岚（寄居于律的父亲体内）终生保护律，祖父死后律才逐渐发现许多祖父生前与妖魔之间的秘密。
