在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
为了拯救死去的程小时，陆光回到了最初，沿着命运的轨迹重新开始。然而一张载着程小时父母线索的照片出现在时光照相馆，为查明真相，陆光怀着忐忑的心情与程小时前往英都。看似友善的当红模特夏斐，举止乖张的唐人街之首Vein，还有神秘现身的刘枭……面对怀揣不同目的的人们，陆光能否打破那注定的死局？
李天辰事件告一段落后，时光照相馆恢复了表面的平静，然而夏斐失踪的消息再次将众人卷入了命运的交叉点。随着Vein的回归与乔苓超能力的觉醒，程小时和陆光逐步触及到Bahati火灾案的秘密，而程小时的父亲程伟民和母亲邵媛媛似乎也与之有千丝万缕的联系。随着调查深入，来自某个神秘组织的刘枭开始了他的行动，而英都警察Jae的干预也使这场追寻真相的行动充满变数。
乱世之下，妖祟横生，奸佞当道。又值幽界入侵，人、幽两界势力荼毒人间，捕蛇者许应因看不惯为幽界卖命的草头神欺压百姓，反抗犯下弑神之罪，又出手打死了不作为的朝廷官员，遭两界势力追杀，开启了逃亡的生涯。
奇师戏影策兵涛，逐浪祸海乱天道； 镜域侠武决干戈，龙首风痕会英豪。 儒门天下，镇门宝剑惊生变故，特聘剑师却受困于一处与元河天藏息息相关之地。只见熟悉的无双风华再现，为儒门天下安危，儒门龙首．疏楼龙宿再渡红尘，更将揭开不为人知的过往。 绝代剑者、冷傲超尘，隐居多时的风之痕师徒为何再现武林？离人公子会见故人复朝伊，两人之间的契约牵涉何等内容？邪帝绝式惊现江湖，伴随意外的虎形身影，白城舆身上有何变故？奇异女子金缕凤衣．灵悉潮又对他有何意图？ 异土镜界，流传天旨：羽剑竞暝刀，胜者号令定天下。境内四族，木族、兽族、金石族与人族主持的偃武三千楼、不秋阁，争抢灵脉，征战未曾休止。镜界高人梅林之主．知北游更力战作恶多端的奇迹影法师，双双重创；直至横空入世的木族龙君．森墨君策局，方得平息。但如今，元河天藏回归，异界外人接连来至，一切将风云变色！ 暗处黑宫，奇诡的皮影戏...
