在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
曾经名满武林的花间派，面临掌门失踪、巨额欠款的破产危机，大师姐花想容临危受命，重拾《武林不二周刊》招牌，报道江湖大事小情；前有深情高富帅，后有失忆美强呆；二货师弟师妹不算靠谱，还有债主上门同行竞争。江湖工作虽不易，甚幸一派同心闯难关！我们不二，我们独一无二！路过的大侠，来一份新周刊呐～
四大宗门之首的玄灵宗，多年来第一次来临水城选拔弟子，方秦两家围绕这一个将决定二者命运的契机，展开明争暗斗。最终，秦南依靠潜心修炼、绝佳天资以及奇遇所得的战神之魂，在使者萧轻雪的公正判罚下，成功扭转颓势战胜方家。进入宗门后，秦南因卷入萧轻雪被逼婚一事，惹来宗主之子欧阳君的仇视。为了不断变强，报答萧轻雪的知遇之恩，秦南屡破强敌，连夺万象大比、外门大比第一、与四大宗门天才共闯武缘阁，并获得搅动大陆的惊天秘密，与冷锋约战生死殿、破北海家围困临水城之难，探索九字真言塔，誓与宗门恶势力战斗到底。
桃夭、柳公子、磨牙、滚滚一行为了寻找失踪的百妖谱，开启了在洛阳城的探险。期间遇到了绛君、咸鼠、佛眼、玄狏、婴源、人渠、狭怪以及智斗大BOSS百妖谱。
斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
秦羽在逐步了解神界的规则后，为了迎娶属于神界八大家族与自己身份悬殊的姜立，选择立志成为最强匠神，随后从剿灭山贼开始，成就上级神人，被圣皇看重成为新贵……一步一步最终达到了可以光明正大向立儿求亲的身份。 可此时，面对立儿的众多“追求者”，无法抉择的姜家决定为姜立举办招亲，谁要能献上三件礼物压倒其它竞争者就能赢取姜立，秦羽为此历经艰辛，打造了前所未见的一流鸿蒙灵宝为最终的聘礼。 本以为万无一失的他，却没想到在最后时刻，姜家竟然不顾公平，宣布周显获胜，秦羽就此爆发……
