这部动画巨制以独特的视角向你讲述明朝“土木堡之变”时期，一直守护成吉思汗“天武圣宝”宝藏的护宝一族一夜之间被屠杀殆尽后，侥幸生还的护宝一族少主乌云宗寻找仇家，追寻宝藏，并一路与伙伴和仇家之间上演的一场关于追寻和成长、爱情与友情、阴谋与背叛的精彩故事。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
金豪启动“许愿树”失败后并没有善罢甘休，暴躁升级的他发誓要卷土重来，并加大力度搜集神奇宝物。为达目的，金豪设计用神奇宝物“记忆葫芦”，抹去熊大熊二的记忆，并蛊惑他们视光头强为敌，指使他们前往光头强家搜寻乾坤袋。光头强得知真相后，联合森林动物们展开救援，终于帮熊大熊二恢复记忆。而熊强组合也再度联手，肩负起保护宝物的责任，与金豪展开激烈抗衡。随着不断升级的争斗，大批神奇宝物涌现，让金豪愈加疯狂。而他的手下为抢功也不停捣乱、抢夺，甚至对宝物也是虎视眈眈。宁静的狗熊岭，注定将在这场宝物争夺的风暴中，陷入漫长而动荡的不安岁月……
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
回到神秘侏罗纪，星猫教小朋友恐龙知识和勇敢精神。 黑魔王的元神从封印下逃脱，为了吸取足够的生命能源，黑魔王带领黑魔族小怪，来到地球上恐龙繁荣的侏罗纪，企图通过吸取恐龙身上的生命能源，强大自己的能量，让真身解封，统治宇宙。星猫与12星球战士及时降临，奋力阻止。当12星球战士对恐龙不了解时，星猫就会变成一个老师，手里拿着星杖，幽默的讲解恐龙知识，达到寓才于乐的目的。
