《茶啊二中第六季》时间线来到初三，欢乐的校园日常仍在继续，孩子们迎来了老师、家长们更多的“关爱”，也面临着新的成长挑战，这一季中，大家在校园和家庭生活过程中发生的点滴小事里，凝聚了师生情、友情、亲情的力量，展示了一群平凡却又特别的初中生有笑有泪、真挚动人的青春成长故事。
苏小误将自己的血液滴在了收藏的一个古董花瓶上莫名穿越，并且到了一个完全架空的南金朝代成了苏潇。苏潇在南金朝是宰相府的二小姐，为庶出，上面的嫡长姐总是欺压以前的苏潇，甚至抢了她最爱的人，苏潇被人害死，但是还有魂魄存留在苏小的身体里。很快，整个相府都发现了苏潇的不对劲，有的时候自言自语（身体里还有一缕幽魂），穿越而来的苏小也在这个后宅里闹出各种各样的笑话，打脸相府夫人，反击欺负自己的长姐，嫁给王爷做宠妃。
天启元年，机关盛行，新旧党派，争权谋乱。齐南府秀才沈问，擅木工机巧之术，某日在路上无意间卷入一起皇宫秘宝失窃案，由此结识了锦衣卫总旗沐思卿。沈问发现锦衣卫寻找的秘宝竟然是当年导致他满门被灭的六合兽图，六合兽图内有皇朝隐秘，为了寻找灭门仇人以及解开六合兽图的秘密，沈问决定暗中布局混入北镇抚司寻找当年真相。
叶星云师傅羽化仙去，留下了一个势力庞大的天元神宗，叶星云成为了天元神宗新一任宗主，同时以狸猫换太子的手法，变成了一个小世家的子弟，隐匿其中，静待复仇的机会。叶星云踏上了一条无比凶险的路，但是凭借着自身的谋略，和天元神宗一众高手们的辅佐，纵横捭阖，运筹帷幄，对抗庞大的大周王朝。
