神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
一连串人类恶鬼化案件的现场，都拍到了与男主长得一模一样的凶手。女主收到地府方面的通缉令，将男主逮捕归案等待黑白无常审判。为洗脱罪名，男主逼不得已用计胁迫女主一起查明真相。随着案件逐渐清晰，两人揭开了一连串人类恶鬼化案件的阴谋以及凶手和男主的关联，原来一切都在幕后黑手的掌握中。
时空之隙开启，书院众人来到了现代课堂，新课堂新老师新朋友，可爱的小伙伴们又会产生什么样有趣的故事呢？航天知识的小剧场即将开讲啦！敲黑板！记得认真听课，科学小记者们还有很多小知识要传授给大家哦！！
中学一年级的鸿田新某一天与名为库兹马的谜之生物相遇了。它既能说日语又能说俄语，还长得像动物似的。这家伙到底是什么呀！？
红小豆是一颗梦想着被吃掉的红豆，但不知道为什么，它总是差那么一点点。这一季，它依旧每天在各种甜点和美食里“上班”，却遇见了更多离谱又治愈的故事：被困外卖柜、误入奇幻世界、寻找命中注定的人类、结识新的伙伴……也和老朋友珍珠李建勋、芦荟安东尼、芋圆黄圆、枸杞赵建国继续过着吵吵闹闹的日常。尽管红小豆一直没有实现被吃掉的梦想，但不妨碍它说：“今天真是辛苦我了！”
一封没有送出的情书，换来了普通人类张寻光和吸血鬼美少女千夏的终身纠葛，命运在百年前就写下了终章！猎人、吸血鬼，无一逃脱命运的绞杀，既定的命运是否可以改变？每个人都将迎来终局。最终，谁会生还？
故事发生在2017年，利用仿生技术改造的武装力量“尖兵”早已经渗透了国家安全网的方方面面，琉璃（山新 配音）身为第三代尖兵，因为身体的超负荷运作，只剩下一年的时间了。在此之际，琉璃接到了一个特殊的任务，保护一位名叫孙浩轩的男子（叮当 配音）。 孙浩轩是电子器械方面的天才，并且有着异于常人的自愈能力，暗示了他所拥有的特殊身份。孙浩轩喜欢着学姐白桦（洛如妃 配音），然而白桦的真实身份却是第五代尖兵，她受怀特博士的指使，为了某种使命接近孙浩轩。琉璃和孙浩轩的相遇彻底改变了两人的命运，亦改变了这个世界的未来，在此过程中，冷漠内向的琉璃渐渐爱上了正直善良的孙浩轩，并最终用这份爱拯救了身陷险境的孙浩轩。
