以阿鲁鲁为首的始源星族，自称是奇轮星和奇轮战士的主人，奇轮王烈焰被擒获，并被强行给予神兽轮，变成只懂破坏的工具。失控烈焰在地球大肆破坏，但在小萨儿子小吉爱的呼唤下恢复清醒，并吸收神兽轮的力量，升级为全新形态。此时小萨因调查事件真相，将烈焰交托给小吉后独自离开。小吉、烈焰为了拯救奇轮星，参加地球奇轮选拔赛。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
传说每当黑渊现世，就会有一场天道大劫毁灭诸天万界，重启宇宙。少年林飞因筋脉缺陷无法修行，靠着小聪明在问剑宗混吃等死，直到大劫来临，恩师与挚友战死在黑渊才为虚度光阴而追悔莫及。他历经险阻另辟蹊径，习得上古炼器法为师门报仇，与魔头渊皇同归于尽。岂料因为神秘力量的干涉，他又在重启的新纪元中重生。为守护从大劫中被神秘人传承下来的问剑宗，为了相同的惨剧不再上演，林飞决心从一名边缘弟子做起，修万剑之道，集群英之力，破天道大劫，续文明火种。
一夜间惨变孤儿的张小凡被青云门收为弟子，经过五年刻苦修炼，他在师门七脉会武上大放异彩，后被派往空桑山打探魔教行迹，旅程中，他与师姐陆雪琪遭遇危难，并结识救护了魔教女子碧瑶，同时，新的危险也在前方等待着他。
擅长机甲骗术的秦明，被擅长解谜的白齐拉去当金吾卫，成为辟火司的救火员，在雷火案中结识了兵马司的“一姐”荆一飞，三人组成探案小队，不仅要拨开层层迷雾，更了解了各自的身世，以及身为金吾卫的职责和意义。
这是一个普通的少年结识上古器灵，在器灵协助下努力修炼，结识形形色色的人，经历各类或轻松或波折的冒险。生活开始走上正轨的故事。最终，他将成为超越大帝，守护整片大陆
