在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
后文明时代，地球异象频发，名山大川中出现异果，生灵凭借异果发生异变。大学生楚风，在失恋旅行中误入青铜昆仑山中，在地球复苏之际意外觉醒至尊人王血统，开启制霸修行之路！
“我们永远都是好朋友啊”在那个懵懂的夏末，隼人（土岐隼一 配音）与最重要的哥们许下了约定。七年后，当隼人转学到都市高中时，重逢的青梅竹马春希（长谷川育美 配音）竟出落成清纯可人的美少女。被称作高岭之花的春希，在和隼人独处时就会用从前的亲昵方式对他展露笑颜。乡村与都市，少年与少女，成长的心灵与身体，纵然分离的时光改变了些什么，但始终不变的思念与约定依然存在。
乱世之下，妖祟横生，奸佞当道。又值幽界入侵，人、幽两界势力荼毒人间，捕蛇者许应因看不惯为幽界卖命的草头神欺压百姓，反抗犯下弑神之罪，又出手打死了不作为的朝廷官员，遭两界势力追杀，开启了逃亡的生涯。
