在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
赵赫洲的母亲为救嚣张跋扈的长女赵馨儿，不惜在身怀六甲之际，动用“太初混沌体”天赋，救回重伤的女儿。然而这一举动，却令未出世的赵赫洲根基尽毁，一出生便被定为废人，母子二人因此被逐出至尊赵家。殊不知，赵赫洲实为修罗魔神转世，九天十地皆曾臣服于他的威压之下。此世虽天生废脉，却携前世积累的“九亿属性点”重生。他将属性全数加满，踏血归来——为母正名，为自己复仇！
在一座因为发展秘密科技所以被毁灭的城市里，埋藏着可以让死人复活，让活人永生的巨大力量。这力量诱惑着一群又一群无法对命运释怀的人来到这座城市。他们或厮杀，或沉沦，或终其一生追寻已经触不可及的安宁。那力量则静静看着他们，并默默从中挑选自己的主人。被它选中的人，将决定这座城市外所有人类的命运。
大BOSS玉王的生母，当朝的皇太后也终于出场，她对玉王因为莫小西而耽误了复仇大业极其不满，一心想要除掉莫小西，导致莫小西的处境更加艰难。好在此时，栾夏泽也真正喜欢上莫小西，栾夏泽残暴的性格也在潜移默化之中被她影响，慢慢变得温和起来，在一次玉王的谋反行动中，莫小西被牵连进来，栾夏泽为了救她，中毒生命危急，莫小西求助系统，系统给的却药品无法救助别人，莫小西只好回到现实世界，去寻求解药，终于治好栾夏泽，这时候栾夏泽和玉王都对莫小西的身份产生的怀疑。随着剧情的深入，莫小西的位分不断...
王胜于现代世界醒来，曾与之相伴的人依稀仍在左右，这究竟是一场梦，还是另一场天大的阴谋？
莫凡强势归来战火院，灼原火劫历沧桑。
