本季围绕王者大陆中的长安城，从新人云缨加入大理寺开始，她与李元芳携手执行任务，逐步揭开尧天组织的神秘面纱。尽管大理寺与尧天组织的成员们分属不同阵营，但他们都在以??的?式守护着长安，追求着?中的正义。
故事讲述了被分到问题学生云集的D班的绫小路清隆和他的同学们在学校里挣扎求生的故事。在TV动画第四季《欢迎来到实力至上主义教室 第四季：二年级第一学期》中，春假过后，绫小路和轻井泽成为了情侣，而堀北也不再崇拜她才华横溢的哥哥岳。随着他们关系的逐渐变化，他们也升入了二年级。绫小路和其他二年级新生即将迎来他们的第一场特殊考试——笔试，他们将与一年级新生搭档。然而，一年级新生中竟潜伏着月城从白屋派来的刺客。这种跨越年级界限的全新关系，究竟会带来风暴还是平静？校园生活的第二年就此拉开帷幕。
斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
金融才子王可意外被祖传神剑带到神州星，凭借家传大日不灭神功，低开高走，拜入仙门，本以为发财在望，不想被卷入正魔两道汹涌暗潮之中。王可凭借自己的天赋与机智，步步为营，左右逢源，赢取美人芳心，构建商业帝国，一步步踏上卫道除魔之路，终成不灭神王。
