传说每当黑渊现世，就会有一场天道大劫毁灭诸天万界，重启宇宙。少年林飞因筋脉缺陷无法修行，靠着小聪明在问剑宗混吃等死，直到大劫来临，恩师与挚友战死在黑渊才为虚度光阴而追悔莫及。他历经险阻另辟蹊径，习得上古炼器法为师门报仇，与魔头渊皇同归于尽。岂料因为神秘力量的干涉，他又在重启的新纪元中重生。为守护从大劫中被神秘人传承下来的问剑宗，为了相同的惨剧不再上演，林飞决心从一名边缘弟子做起，修万剑之道，集群英之力，破天道大劫，续文明火种。
大家一起歼灭了皮下真率领的犯罪组织「蒲公英」，「夜樱前线」顺利成功，接着还一并举办了太阳与六美的婚宴，夜樱家迎来了安稳的日常生活…… 然而却冒出了新任务？ 某天，太阳在梦中与夜樱家初代当家夜樱蕾进行对话。她表示为了达成「杀了我」的这个愿望，有两个不可或缺的事物。听从蕾说的话，为了接触掌握关键的皮下，太阳要挑战银级特务考试，但是有传言指「今年不会有任何人合格」，最凶狠的考官们正在等着他！ 然后露出无畏笑容，六美她们的父亲夜樱百终于动了起来，身上带有重重谜团的他，究竟有何目的？ 各式各样的事件降临在夜樱家！ 家人之间的关系遭受考验！ 电视动画『夜樱家的大作战』的新章，作战开始！
