大战后，秩序未能恢复，世界陷入混乱。混沌从深渊崛起，黑暗如潮水般吞噬大地……缔默完成了命运的蜕变——她不再是被守护的少女，而是手持万灵缔杖的“万灵神女”，以温柔而坚定的力量守护人间与仙境。水帝亦执掌水汐神剑与她并肩而立。二人为寻得封印混沌之法，远赴永恒之城罗马，混沌却已将失去仙力的冰帝和颜狐拖入深渊……千钧一发之际，神秘的塔罗使者出现……另一边，船王因放弃新生而滞留渡灵界，反噬渐重。渡公主为救船王，引诱灵帝坠入渡魂界，偶遇在寒冰牢笼中的仙子，意外在生死冒险中逐步探明混沌的致命弱点……众人能否合力封印混沌，黑暗能否被彻底驱散？爱与信念，能否书写新的神话？
作为忍者后裔被祖父抚养长大、拥有与动物对话能力的高中生·我妻二郎，某日在森林中遇见了受伤倒地的黑猫·罗睺。看似普通的黑猫罗睺，其真实身份竟是曾被称为“黑色凶星”的传说级怪物？！企图利用罗睺强大力量的怪物暗影悄然逼近……与此同时，负责监视与清除怪物的国家秘密组织“公仪隐密局”也介入其中。在各方势力围绕罗睺之力展开激烈角逐的漩涡中，二郎与罗睺所展现的“觉悟”究竟是——由怪物与少年相遇开启的“忍”之战，此刻正式拉开帷。
孤儿院兼国家战用魔术武器育成机关收容无依的小孩，培养成战争用的魔术武器，死亡对在这里生活的孩子们来说稀松平常，无法尽情地表达悲伤。
X战警被分散到了各个时间线，从过去，到未来，而他们将在最脆弱的时间点遭遇袭击——如今，1990年代。天启发威，大战来临。
