《赛尔号之圣者逆袭》是《赛尔号》动画片的续集。讲述的是2110年，地球能源已接近枯竭，环境污染日趋严重。 为了实现地外星系探索计划，人类制造了名为赛尔的机器人，并建造能源探索飞船赛尔号，寻找传说中的无尽能源。可就在找到无尽能源的时候，无尽能源被宇宙海盗欧比组织摧毁，赛尔们不得不去寻找藏在宇宙深处，由谱尼看守的第二个无尽能源……
上古时期妖兽纵横，一位神秘道人分别授予了阴阳五行的特殊能力给金木水火土五个家族来抵抗妖兽，他们将妖兽驱赶到神隐雾山之中，设立结界。 雾山之中另有被封印于巨阙神盾之中的具有强大灵力的麒麟兽，常常吸引来那些想要提升妖力突破结界的妖兽。火行使者闻人翊悬为救其母私自打开了巨阙神盾，小麒麟趁机偷溜出来，妖兽界将掀起一 股腥风血雨......
故事发生在二千多年前的战国时期，秦始皇统一六国损兵达百万计，项燕兵败阵亡，少羽被困，高渐离、雪女、大铁锤赶来相救。兵败后，盖聂、墨家、项氏一族踏上逃亡之路。李斯进入儒家后，拜访先师荀子，荀子避而不见。同入儒家的少羽尊从法理少年老成，端木蓉由于被白凤所伤终日不醒，张良授计让天明与其对弈救木蓉。星魂对清秀的月儿产生浓厚兴趣反遭冷眼警告，月神把月儿带到东皇太一面前，东皇向她公布了自已的真实身世。少羽与天明观海时得知秦始皇要登临东海尽头的那座城市，暮色归途中又遇见流泪的石兰，交谈中少羽知道杀父仇人蒙恬来了，他该怎么办......
伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
