在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
短片集由八个植根于中国传统文化的独立的故事组成：《小妖怪的夏天》《鹅鹅鹅》《林林》《乡村巴士带走了王孩儿和神仙》《小满》《玉兔》《小卖部》《飞鸟与鱼》，在观众面前铺陈开一个极具中式想象力和审美魅力的“妖怪”故事集。 其中故事纵览古今、展望未来，从古代故事到科幻想象、 从乡土眷恋到唯美爱情、从生命母题到人性思考，展现着中式想象力、承载着中国民族文化与哲学。影片涵盖多种美术风格以及制作手法：既有传统的二维、剪纸、偶定格动画，又有CG、三渲二的现代技术，还有将素描与中国水墨韵味相结合的创新尝试，是创作者们对中国美学一次多视角的诠释。
伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
沈剑心再次回归稻香村，不断出现的奇闻、悬案、离谱发明……他和伙伴们将展开全新的冒险历程。
万物皆有灵，自然之力汇聚成了各种拥有意识的仙子。但是，由于人类不爱惜自然更有被封禁的力量觉醒，仙子们受到了伤害。人类少女遇到了来自水底的仙子，并与他相知多年。但是两人却无法跨越仙、人之隔。少女在奇妙的旅途中，决心寻找属于自己的力量。她相信人类也是自然的一环，定有人与自然和谐共存之法。她能否守护自然？
浩瀚宇宙，人类对维度的认识还很有限，在人类已知的维度之外还存在着其他高级维度世界。在质维里，暗维阵营想要侵占更多的维度空间扩大领地，而光维则守护着其他维度与他们战斗着。在他们最后的战场地球上，光维将自己和暗维一起降维成平面。两个阵营的维灵也留在了地球。只有少数拥有解封维度力量的人类，可以将维灵从平面变回立体。他们被称之为“维将”。
