神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
赵赫洲的母亲为救嚣张跋扈的长女赵馨儿，不惜在身怀六甲之际，动用“太初混沌体”天赋，救回重伤的女儿。然而这一举动，却令未出世的赵赫洲根基尽毁，一出生便被定为废人，母子二人因此被逐出至尊赵家。殊不知，赵赫洲实为修罗魔神转世，九天十地皆曾臣服于他的威压之下。此世虽天生废脉，却携前世积累的“九亿属性点”重生。他将属性全数加满，踏血归来——为母正名，为自己复仇！
80年前，山海经里的上古巨兽全球苏醒，人类几乎灭绝。幸存者撤到孤岛，建立虚拟都市A。每晚十点宵禁，怪兽出没，普通人感知不到。少年林小宁因北斗胎记觉醒，召唤出钢铁机甲战兽北北，与冷静天才凌霄、青梅竹马肖筱筱等人，逐一进入七处封印地——并发现：宵禁背后藏着另一层秘密。
