当世界仍在从上一季的全球灾难中恢复之际，已发生变化的马克因内疚而痛苦不堪。他在全力保护家园和挚爱之人时，与一股强大的新威胁正面交锋，这股威胁足以永远改变人类的命运。
《熊出没之探险日记2》则延续了上一季的剧情，除了保留大家最爱的女性角色赵琳外，还加入了人类大反派“天才威”等新角色，使剧集更具矛盾冲突。
丝碧卡・瓦戈的目标是考上「戴安娜魔术学校」，成为一等魔术师。但却一直无法成功使用魔法飞行。某一天她遇到了一只会讲人话的黑猫，没想到那只黑猫的真实身份竟然是失踪的魔术大师克劳德！克劳德为了解开诅咒，必须要借用丝碧卡的魔力。然而目前丝碧卡的魔力还远远不够，因此克劳德便开始教导丝碧卡练习魔法、增强实力，让她朝着成为一等魔术师的目标前进！
故事舞台设定在昭和30年代左右的日本，正值高度经济成长期，当时马戏团作为主要娱乐形式，已经融入了人们的日常生活，许多马戏团在日本各地巡回演出，并为了能够参加只有顶级马戏团才被允许参赛的世界级盛会，彼此之间不断竞争、磨炼技艺，在这样的时代背景下，由团长麻利亚率领的向日葵马戏团一边常年为资金短缺而苦恼，一边艰难地继续着巡回演出，就在这时，马戏天才少女鹤卷瑞佳因某些原因来到马戏团，故事也由此开始展开。
