在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
大BOSS玉王的生母，当朝的皇太后也终于出场，她对玉王因为莫小西而耽误了复仇大业极其不满，一心想要除掉莫小西，导致莫小西的处境更加艰难。好在此时，栾夏泽也真正喜欢上莫小西，栾夏泽残暴的性格也在潜移默化之中被她影响，慢慢变得温和起来，在一次玉王的谋反行动中，莫小西被牵连进来，栾夏泽为了救她，中毒生命危急，莫小西求助系统，系统给的却药品无法救助别人，莫小西只好回到现实世界，去寻求解药，终于治好栾夏泽，这时候栾夏泽和玉王都对莫小西的身份产生的怀疑……随着剧情的深入，莫小西的位分不...
天生具有强大力量的王令，在结识了孙蓉等同学后，逐渐打开心房。从只在乎自己的平静生活，变得想要保护和伙伴们在一起的美好时光逆天的仙王大人，这次又要偷偷地为何而战呢？
沈剑心为了解救清水岛村民，返回中原寻找解药。江湖外早已失去平静，偏安一隅的五圣教屡遭加害，破败的枫华谷村庄莫名异动，身处其中的沈剑心又会面临怎样的危机……
战斗分满级却一心赴死、渴望养老享乐的反差萌恶龙——魔界第一弑天王艾尔，因撞上城府满分的人类魔法师乐菲，阴差阳错变身养育乐菲之子迪诺的超级奶爸。迪诺会是一个普通而幸福的孩子，还是会勇敢举起勇士圣剑、直面自己的命运呢……
