神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
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在一片未知大陆上，有一座名为9号卫星城的城市，城中螺丝厂的螺丝扶正工芮梨在日复一日的枯燥工作中，逐步察觉到了这座城市的不真实。在神秘角色“Anull”的帮助下，芮梨获得了“换装”的超能力，并化身怪盗“天狼星”，为逃离这里秘密行动着。当世界的真相终于展现在自己眼前时，芮梨才发现，她真正的战斗才刚刚开始……
在这个世界上有一群人，他们身体上刻有文字“印”，并可以通过念力将“印”转化为超能力施放出来，这种能力被称为言能，而这群人被称为言能师。唯一能够教授这种能力知识的地方，是有着悠久历史，继承了远古文明的万象学城。每一年万象学城都会举办考试，招收有潜力的言能师进入学城学习，并将他们组建成维护世界和平的警卫力量——千从狩。我们的主人公千从虽是个有印无能的哑炮，却也梦想着成为最强的千从狩，并为此进入学城求学，开启了他的不灭人生。
