若干年前，号称城市三大高手之一的龙泽所率领的团队败给了利用阴谋取胜的泰坦。今天，为了能够打败不可一世的泰坦，龙泽的孩子龙然龙襄姐弟踏上了集合伙伴的征程。两人寻找当年的前辈和现在的强者，克服各种困难请他们回归和进入。之后，在战国博士的强力训练下，龙然与伙伴们得到了巨大的提升。与兽神队战斗并成为战友，最后，在与泰坦的战斗中，历经各种困难考验，取得最终的胜利。
云飞雪的父亲云天罡与哥哥云飞山在八年前在护送龙脉的任务中惨遭暗算，云家血脉仅剩年幼的云飞雪，而云飞雪也被一股神秘的力量所寄生，那股力量竟与云飞雪合二为一，并幻化出一个与他一模一样的幻影，幻影寄生于云飞雪的意识之中，时刻准备着积蓄力量，吞噬掉他的神魂。刚刚压制住体内幻影的云飞雪收到父兄惨死的噩耗，心知若想为亲人报仇，重振云家，只有韬光养晦，隐藏实力。他明里游手好闲，背地里却聚集了一个名叫“暗影”的组织，暗中调查当年谜案。 在潜龙城看似无忧无虑的生活中，其实危机四伏。经过调查，云飞雪找到了当年的线索，顺藤摸瓜找到了当年幕后操控的组织——金龙卫！此时的金龙卫已经不再是皇帝身边值得信任的护卫组织，而是由前朝宦官李圣义操控，以当朝太子为傀儡的邪恶组织，其势力遍布庙堂与江湖。于公于私，云飞雪都要铲除这个祸害人间的组织，但金龙卫实在太过强大且行事缜密，目前云飞雪的...
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
辰南一行人离开东褚国，拜师入学神岚学院，协同梦可儿等人共同探寻邪道破灭道的真相，同时辰南自身的身世秘密逐渐浮出水面。
