故事讲述了被分到问题学生云集的D班的绫小路清隆和他的同学们在学校里挣扎求生的故事。在TV动画第四季《欢迎来到实力至上主义教室 第四季：二年级第一学期》中，春假过后，绫小路和轻井泽成为了情侣，而堀北也不再崇拜她才华横溢的哥哥岳。随着他们关系的逐渐变化，他们也升入了二年级。绫小路和其他二年级新生即将迎来他们的第一场特殊考试——笔试，他们将与一年级新生搭档。然而，一年级新生中竟潜伏着月城从白屋派来的刺客。这种跨越年级界限的全新关系，究竟会带来风暴还是平静？校园生活的第二年就此拉开帷幕。
在火焰魔女事件之后，莫凡再次投入到魔都学府的修炼中，但就在最关键的时刻，突然传来了好兄弟张小候失踪的消息。重感情的莫凡立即停止赛程，带着魔都血族好友柳茹共同赶赴古都，闯入了正处于妖魔活跃期的中心地带。
天地分为上古大荒与现世人间两界，由太极壁垒相隔，域外虚无异境滋生侵蚀神魂、扰乱秩序的暗紫色暗力；天地遴选十二山海神兽为十二秩序祀神，各携本命宿命玉佩身负镇守两界、稳固壁垒、封印异境裂隙的天命，却因两界崩塌意外坠落现世人间，记忆散落、身份隐于市井；反派夜幕组织膜拜异境暗力，妄图搜罗上古符文与十二玉佩，撕裂两界壁垒、借暗力掌控天地，还暗中渗透圣庙与人间势力布设内鬼危机；十二神兽在现世陆续觉醒，一边集结同伴、寻找远古符文下落，一边对抗夜幕阴谋、净化人间暗力、压制异境裂隙，他们心怀守护苍生之志，平定暗乱、封印裂隙、重塑天地规则，最终舍弃重返破败大荒的执念，集齐十二宿命玉佩永久加固封印两界壁垒，留守现世人间，世代镇守天地平衡，成为守护人间安稳的十二秩序者。
当游戏策划江城突然被拉进自己精心打造的数字世界时，他原本以为能在这片熟悉的地方游刃有余。然而，令他震惊的是，游戏中强大无比的魔王苏夜不知为何竟然觉醒了自我意识。苏夜不把江城当成主人，而是当成一个残忍创造了自己、随后又将自己抛弃在命定暴力生活中的神。为了逃回现实世界，江城被迫与苏夜结盟，踏上了一连串充满险阻的隐藏任务。然而，当现实与模拟之间的边界彻底消融时，真正的真相才浮出水面。江城发现自己的存在也不过是另一层复杂的代码，他意识到在一个庞大且层层叠叠的系统之中，他和苏夜是平等的。他们能否共同找到彼此存在的真正意义？
