三尊苏醒，孙悟空助天神度过危机。西行小队离散后，沙悟净下阴界救师父;八戒在黑水镇因过失而害死人;白狼小羽在恐怖森林收服一虎，又在古城被石兵围困，三藏等人归来解围，却又遇上暗影天王，悟空归队助战。三藏化解亡魂怨恨，西队亦告别故人，继续上路。
你是否想过，在霓虹璀璨的都市之下，潜藏着来自古老神话的怪物？你是否想过，在那高悬于世人头顶的月亮之上，伫立着守望人间的神明？你是否想过，在人潮汹涌的现代城市之中，存在代替神明行走人间的超凡之人？人类统治的社会中，潜伏着无数诡异；在那些无人问津的生命禁区，居住着古老的神明。炽天使米迦勒，冥王哈迪斯，海神波塞冬……而属于大夏的神明，究竟去了何处？在这属于“人”的世界，“神秘”需要被肃清！
七侠与小狸为了追踪假冒小凤的小小黑，结果误入密林，掉入不老泉，导致虹猫武功尽失、蓝兔失踪，七侠其他人则都变成了婴儿。好在逗逗变成婴儿前留下线索，杭州三台山的三台阁中的神物“净元珠”乃天下最为纯净之物，能使万物复原，如果服下更能增长百年功力。但净元珠乃寺中万年古木所孕，每隔十年只产一滴，于是三台阁每隔十年将开门收徒一名，技压群雄者方能得到净元珠。而100年前的胜利者便出自海外凤凰岛的凤凰武馆。 为了恢复兄弟们原来的样子，武功尽失的虹猫与小狸带着变成婴儿的兄弟来到杭州三台山附近的凤凰岛，决心从头修炼武艺，以期成为三台阁接下来的徒弟。但是，来到凤凰岛的虹猫，虽然找到了失忆的蓝兔，但却受到各方面的压力以及侮辱，无法成为武馆的正式弟子甚至在武馆中沦为杂役。 馆主夫人水灵灵发现虹猫的资质不错，于是设法将其收为正式弟子，而小狸在研究并学会了将武术与魔术结合。与此同...
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
