传说每当黑渊现世，就会有一场天道大劫毁灭诸天万界，重启宇宙。少年林飞因筋脉缺陷无法修行，靠着小聪明在问剑宗混吃等死，直到大劫来临，恩师与挚友战死在黑渊才为虚度光阴而追悔莫及。他历经险阻另辟蹊径，习得上古炼器法为师门报仇，与魔头渊皇同归于尽。岂料因为神秘力量的干涉，他又在重启的新纪元中重生。为守护从大劫中被神秘人传承下来的问剑宗，为了相同的惨剧不再上演，林飞决心从一名边缘弟子做起，修万剑之道，集群英之力，破天道大劫，续文明火种。
上一季悟空在引路人的指引下渡过遗忘之桥，即将转世重生，另一边的西行小队面对蜂拥而至的小妖，白狼释放出龙魂与兽魂守护着身后的小羽，他凭借强大的力量暂时抵御了小妖的进攻。
第四季《万古仙穹4：银月城篇》接替上季内容，讲述了娲后三魂仅需找到最后一魂便可重生，古海为救小柔，前去银月城阻止大明王神寻到最后一魂。可银月城内却是更加艰险万分，古海将要面对新的挑战。
