在人类生活的世界里，存在着另一个完全独立的平行世界纳尤古。纳尤古由拥有魔法的精灵师和精灵组成，他们将人类世界称之为“大方块”。10岁的小学生包小龙，大方块的一名小学生，然而他天生就有点不同，常常把老鼠、蟑螂等动物们看成可爱的小精灵。小龙的异常得不到家人的理解，更被同学和小伙伴们排斥。有一天，一颗粉红色的流星飞进了小龙的眼睛里，他开始听得到小精灵们的心声。精灵们不断涌现，惊呼小龙就是“那个人”黄金龙的精灵师。正当小龙迷惑不解时，他收到来自纳尤古齐格威精灵师学校尤达校长的信。
人妖共存又相争的世界，修炼术法、以斩妖除魔为己任的人们被称为妖师。国御妖师队长祁晓轩因一次意外结识了浪子虎子，二人共同踏上除魔卫道的旅途。现如今，世间已历经五百年的平静，妖魔们早已蠢蠢欲动，为他们的前路蒙上阴霾……
创始之初，混沌侵袭，凡是在这无极世界当中诞生的生命，都会被悄无声息地种下一丝混沌之力，以便在成熟时收割。绝天通为了对抗混沌，收下了他的第一个徒弟徐阴，可是被他寄予厚望的徐阴却背叛了他。千万年后，徐阳掌。
灵气复苏的都市，妖魔入侵威胁来袭，天生废灵根的少年秦雨体内意外觉醒神力，被选中成为神秘至强功法万物生的传承人。秦雨加入东大高武学院后逐渐结识侠肝义胆的一群伙伴，一起修炼成长，共同守护校园和人族星球。
《秦时明月之君临天下》是国产大型3D动画《秦时明月》的第五部， 蒙恬出击匈奴，秦皇东巡、焚书坑儒、蜃楼东渡 、修筑长城、建兵马俑。
