在人类生活的世界里，存在着另一个完全独立的平行世界纳尤古。纳尤古由拥有魔法的精灵师和精灵组成，他们将人类世界称之为“大方块”。10岁的小学生包小龙，大方块的一名小学生，然而他天生就有点不同，常常把老鼠、蟑螂等动物们看成可爱的小精灵。小龙的异常得不到家人的理解，更被同学和小伙伴们排斥。有一天，一颗粉红色的流星飞进了小龙的眼睛里，他开始听得到小精灵们的心声。精灵们不断涌现，惊呼小龙就是“那个人”黄金龙的精灵师。正当小龙迷惑不解时，他收到来自纳尤古齐格威精灵师学校尤达校长的信。
万族咆哮，撕裂苍穹！全面转职时代彻底降临！觉醒日，李一觉醒至高阴神职业——阴司至尊！生死簿翻页，万灵寿数由吾定；轮回盘转动，诸界亡魂归吾掌！十万鬼将，百万阴兵，一念断生，一念断死，诸天万界我为尊，吾意即天意！面对异族屠戮，人族悲歌响彻寰宇之际。李一突破职业桎梏，成就酆都大帝，硬撼异族三大邪神！阴司之主，既掌生死，亦镇苍生！那一战，天地震动！最终李一成功消灭邪神异族，将和平与安宁再次带给了这颗饱经风霜的星球！
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
