特种兵沈辣天生阴阳眼，在云南边境抓捕毒枭任务中，偶入古滇国山洞，遭遇远古祭祀干尸复活，沈辣小分队几乎全军覆没。在这危急时刻，神秘白发男子吴勉将沈辣和缉毒警察孙德胜一并救出。干尸事件后，二人机缘巧合进入“民俗事务调查研究局”，在一次次超自然事件中逐渐成长，揭开另一个世界的面纱。 这是一个无处不在却不为人知的世界 这个世界里，有一个神通广大隐匿在世人视野之外的神秘部门 有一群身怀秘术活得风生水起的凡人 还有那些超脱了轮回却依旧混迹凡尘的传奇 于芸芸众生而言，他们是看不见摸不着却又实实在在的坚强护盾 于邪魔外道而言，他们是令人欲除之而后快的眼中钉肉中刺 而对他们自己而言，他们只是有血有肉的人 有爱有恨，有喜有悲，身在大千世界，心怀大千世界 微不足道，却又重要无比。
淡岛歌剧学校里，怀揣舞台梦想的少女们从全国各地汇聚而来。怀揣着对音乐剧明星的憧憬入学的新生若菜；肩负挚友期许不断求学的宿舍长绢枝；散发着压倒性存在感的美丽特待生绘美；对那个女孩心怀憧憬、嫉妒、不断渴求目光的桂子与她的家人——她们无可替代的日常、变换的人物视角在交错中缓缓相连。活在当下的少女们，呈现着清新浓烈的青春涂鸦。
绝大部分的故事都发生在美国一个名为小镇村（The City of Townsville）的都市，飞天小女警则是这座城市的保护者，举凡阻止银行抢案、火场救援、防止怪兽破坏城市等，都是她们的工作。 飞天小女警对付犯案者及怪兽毫不留情，几乎总是会狠狠的揍他们一顿，再把他们丢进监牢或交给警方。 飞天小女警有专属的热线电话，市政厅、小橡树幼稚园和基妮老师家里都设有分机。发生犯罪事件时通常是由市长打电话通知飞天小女警。飞天小女警的主旨是“英雄不是绝对的善，坏蛋也不是绝对的恶…因为每个人都有好的本性和坏的本性，只看你怎么选择。 结尾画面和结尾语亦为本作之特色，各故事皆有结尾画面和结尾语。大部分的结尾画面为飞天小女警三人，结尾语通常则是“一天又平安的过去了，感谢飞天小女警的努力！”但前两者并非每集皆一成不变；较可能出现的会是解决该集纷争最有助力的人、事、物，而也并非绝对单一个体（也可能复数）。
马文·弗洛特可能是有史以来最伟大的侦探，但他仍然无法解开一个谜团：他的家人，他将遵循每一条线索，与他从未停止过爱的前妻一起救赎自己。
