神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
为拯救身患绝症的妈妈，不孝子董璀璨和神秘人签订“契约”，用自己的时间换回了濒临死亡的妈妈。痊愈后，妈妈严锦玉不仅变回了20岁时、身体尚还健康的状态。还依靠着自己超越“同龄人”的成熟、乐观，活出了曾经不敢想象的、更精彩的人生。然而，另一方面，董璀璨为了不让妈妈担心，隐瞒了生命的真相，独自背负起了契约的代价。并决定在生命最后的时间里，弥补曾经的遗憾、报答妈妈的养育之恩……
斗魂大赛开始了，立志要振兴的唐门的霍雨浩等人代表唐门参赛，赛前唐门大师兄贝贝意外被魔化的恋人小雅打伤，霍雨浩不得不担任唐门的临时指挥人，在霍雨浩的安排下、唐门一路披荆斩棘，战无不胜。可在八强赛中，霍雨浩率领的唐门却对上了王秋儿带领的史莱克学院……
天宝十二年，天魔复生之期将至，妖王獬狱意图利用天魔统领妖族，颠覆人间，使人间成为妖族之地。人间驱魔司召集青年才俊重返长安，为四年之后的天魔现世做准备。在边境，驱魔司众人再度相聚，后续发现战死尸鬼的暴动。这一切的背后似乎都和传说中的白鹿有关，白鹿究竟在何处呢？
