神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
赵放带着游戏系统来到了异世界，发现自己是一个被废了武功的废物少爷，身边只有一名侍女跟随。面对困境，赵放反而觉得展现自己的时机到了。拥有资深游戏经验的赵放，成功找到了系统BUG，拼命刷等级，历尽艰险，进入无数秘境，完成各种系统安排的任务……
玄罗宗后山雨夜，杂役沈渊与老张头被追杀。老张头临死前将一柄锈剑塞进沈渊手中，被莫颜儿一把灵火焚尸。沈渊扑上去拼命，被周寒一剑穿胸。鲜血浸染锈刃，剑尊残魂苏醒，以青铜古法重塑凡躯。沈渊反杀周寒，重伤莫颜儿，力竭昏死，被路过的苏青栀背回药庐。为重塑碎裂的肉身，沈渊跳入雷鸣瀑，以天雷淬体，碎九十九条经脉，硬生生踏入炼气一层。此后他一路吞噬灵器进化长剑，结识炼器天才齐远、玉兽宗陆瑶，反杀追杀而来的赵铁山、墨九，更在雷云谷引九重天雷渡劫，硬吞五阶镇魂棺，铸成剑意筑基。为求活路，沈渊杀入九州大比。外卡擂七连胜，正赛斩王珏、胜裴烈、吞姜瑶之毒、破云璃卦阵，一路踩着天骄骨血杀入四强。授旗大典上，他当众揭穿玄罗宗“人丹计划”——以活人炼丹，屠戮杂役。沈渊以金丹之躯，逆着跪伏人潮提剑向前，三纹齐亮，剑指万族。“打赢一场，就强一分。打不赢，就拿命换一分。总有一天，没人能再踩着我。”
张凡来到异界，好不容易成为修士，却遭人陷害修为全失，生死存亡之际，系统终于上线，什么神使、仙人、妖皇，在他面皆为土鸡瓦狗，天下无敌的张凡也想一剑出鞘，直破云霄，但无敌剑域居然有范围限制，为了获得扩展领域所需的经验值，张凡只能引诱那些不怀好意的人前来。从此，此方世界多了一个他力压无数天骄、一剑通神的传说……
沈剑心再次回归稻香村，不断出现的奇闻、悬案、离谱发明……他和伙伴们将展开全新的冒险历程。
