神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
故事发生在二千多年前的战国时期，秦始皇统一六国损兵达百万计，项燕兵败阵亡，少羽被困，高渐离、雪女、大铁锤赶来相救。兵败后，盖聂、墨家、项氏一族踏上逃亡之路。李斯进入儒家后，拜访先师荀子，荀子避而不见。同入儒家的少羽尊从法理少年老成，端木蓉由于被白凤所伤终日不醒，张良授计让天明与其对弈救木蓉。星魂对清秀的月儿产生浓厚兴趣反遭冷眼警告，月神把月儿带到东皇太一面前，东皇向她公布了自已的真实身世。少羽与天明观海时得知秦始皇要登临东海尽头的那座城市，暮色归途中又遇见流泪的石兰，交谈中少羽知道杀父仇人蒙恬来了，他该怎么办......
秦牧天生凡体，历经考验成为天魔教教主，被延康国封为第一任太学博士。延康国叛乱之战中秦牧引来魔神，掀起浩荡风云，后随武可汗入楼兰黄金宫，一个人打遍圣宫无敌手。他返回延康,助国师平叛、造射日神炮，后得人皇传承成为新一代人皇。机缘巧合下秦牧得知自己的身世,借助道门小玉京等人帮助，开启道法神通改革的大世。
古德就职于“百达通”事务所，以承接客户委托，赚取报酬为生。因为他以及他的傻白甜小弟苏拉总是把任务搞砸，导致被吐槽为“业绩”的“杀手”。他总是会碰上各种奇葩任务和雇主——比如为老不尊的寻猫老人！甚至还有伪装成培训班的外星文明！ 古德还有一批帮倒忙的损友——擅长各种无用发明的博士、厚脸皮的借钱狂魔内涵哥。他们的日常虽然离奇，但也确确实实地帮助了许多陷入困境的人。他们的日常还在继续，一个个看似无厘头实则温馨治愈的故事正在持续展开中。 与此同时，过去黑暗组织的魔爪也逐渐伸向古德与他的同伴们，古德神秘的过去也正一步步被揭开……
妖灵，最初只是出现在小范围的灵异事件中，有无害的善灵，也有危险的恶灵。一百年前，恶灵突然大量增长，肆意屠杀人类。人类数量锐减，挣扎求生，直到拥有妖气潜力，能够操纵妖灵对抗恶灵之人——御灵师们出现。在收容所长大的少年林风和他的妖灵童童一起，在这波诡云谲的时代将何去何从，未来又有怎样的机遇和危险等着他们呢
